Lancez MSE à partir de son icône représentant une forteresse surmontée d'un drapeau depuis le Bureau ou la Zone de notifications de la Barre des tâches Windows. L'antivirus s'ouvre sur son onglet Accueil. Ce dernier arbore un dessin d'écran qui permet d'avoir immédiatement un aperçu de l'état du PC selon sa couleur : vert quand il est en sécurité, orange quand une opération de maintenance est nécessaire et rouge quand il est en danger. 

Cet onglet permet de vous assurer que la protection en temps réel est bien activée, que la base de données virales est à jour et de commander une analyse du PC. Si le programme bénéficie d'une nouvelle version, un bouton Mettre à niveau apparaît. L'onglet Mettre à jour vous permet d'effectuer une mise à jour de la base de données virales. L'onglet Historique donne accès à la liste des fichiers suspects et des actions effectuées. Longlet Paramètres permet de définir vos réglages.